(Voir aussi : Métaphysique (Aristote))
Le mot métaphysique n’est pas connu d’Aristote. C’est pour lui la science de l’être en tant qu’être, ou des principes et causes de l’être et de ses attributs essentiels. La métaphysique pose la question de savoir ce qui fait qu’un être est ce qu’il est. Pour y répondre, la recherche aristotélicienne porte plus particulièrement sur les manières de dire l’être. Ainsi la définition des essences dépend-elle de la philosophie première.
Dans les Catégories, Aristote explique plusieurs sens de ce qui se dit simplement, i.e. de ce qui se dit sans combinaison (les termes des propositions) : substance (οὐσία / ousía), qualité, quantité, relatif, lieu, temps, position, action, passion, avoir. Cette catégorisation est l’ancêtre des catégories de l’entendement de Kant. Cette liste est variable et semble devoir être complétée par d’autres concepts, tels que être en puissance ou en acte, privation, possession, antérieur, postérieur. Mais pour ce qui est de l’être, tous les sens dérivent du sens primitif et essentiel de l’être de la substance.
La question fondamentale de la métaphysique est donc la substance. Selon lui, en effet, toute métaphysique se réduit à la question suivante : qu’est-ce que la substance ? Le livre Z de la Métaphysique cherche à répondre à cette question (voir substance (Aristote)).